למכון צפנת מגוון רחב של לקוחות, שעם רובם יש לנו קשרים ארוכי טווח.
המכון מקיים עבודות ייעוץ בחברות עסקיות בתחום ההיי-טק, השירותים והמסחר;
במשרדי הממשלה (כמון משרד החינוך, משרד הרווחה, משרד הבריאות ומשרד השיכון) ובעיריות ורשויות מקומיות; בעמותות ובקרנות גדולות.